Regionalny Zarząd Gospodarki Wodnej w Krakowie działa na podstawie ustawy z dnia 18 lipca 2001 r. Prawo wodne, Rozporządzenia Rady Ministrów z dnia 10 grudnia 2002 r. w sprawie przebiegu granic obszarów dorzeczy, przyporządkowania zbiorników wód podziemnych do właściwych obszarów dorzeczy, utworzenia regionalnych zarządów gospodarki wodnej oraz podziału obszarów dorzeczy na regiony wodne oraz Statutu. Regionalny Zarząd Gospodarki Wodnej w Krakowie jest państwową jednostką budżetową utworzoną dla realizacji zadań z zakresu gospodarowania wodami, podległą Prezesowi Krajowego Zarządu Gospodarki Wodnej.
Dyrektor RZGW jest organem administracji rządowej niezespolonej właściwym w sprawach gospodarowania wodami w regionach wodnych Górnej Wisły, Czarnej Orawy oraz Dniestru.
Główną rolą RZGW jest realizowanie w obszarze swego działania głównych celów współczesnej polityki wodnej, polegającej na takim zarządzaniu zasobami wodnymi, które pozwoli na:
- kształtowanie i ochronę zasobów wód powierzchniowych i podziemnych w celu osiągnięcia i utrzymania dobrego stanu tych wód oraz ekosystemów wodnych i od wody zależnych, zgodnie z wymogami Ramowej Dyrektywy Wodnej,
- tworzenie warunków dla zaspokojenia uzasadnionych potrzeb ludności i gospodarki (przemysłu, rolnictwa, żeglugi, energetyki wodnej i rekreacji) przy poszanowaniu zasad zrównoważonego rozwoju użytkowania wód,
- ochronę ludzi i mienia przed zagrożeniami jakie mogą wystąpić w wyniku zjawisk ekstremalnych (powódź, susza).